Раніше дерев’яна грецька церква Святої Катерини розташовувалася недалеко від старого ринку. У 1738 році по проханню ігумена Преображенського монастиря Синайськой гори Євгенія і за сприяння преосвященного Рафаїла Заборовського, греки отримали указ про пристрій кам’яної церкви.
Київський грек Астаматіос Стіматі надав під забудову свій двір і зобов’язався узяти синайськіх священиків і ченців на своє утримання.
В 1739-1741 р. р. споруджена кам’яна церква у стилі барокко.
В 1747 р. був підписаний другий указ, що свідчив: «Дозволено цій грецькій церкві, за прикладом грецького монастиря в Москві, іменуватися монастирем з тим, щоб ігуменові з братією полягати у відомстві київського митрополита». Народ назвав монастир «Грецьким подвір’ям».
В 1748 році монастир став носити ім’я Екатерінінській.
В 2-ій половині XVIII століття на території монастиря були побудовані житлові корпуси і дзвіниця (архітектор І. Р. Григорович-панський).
В 1787 р. ченців монастиря Святої Катерини перевели в будівлю скасованого монастиря Петра і Павла, напроти відомого Флоровського монастиря. Ще раніше тут знаходився перший в Києві католицький костьол.
Феофан Прокоповіч в «Історії про вихід Св. Духу», виданою в Лейпцігу, відносить підставу костьолу до 1230 р. Інші дослідники називають пізнішу дату – 1252 р. Тоді з дозволу Даниловича, що правив в Києві Льва, сина великого князя, якийсь домініканець Іоакинф заклав на Подолі перший римський костьол.
Під час повстання Богдана Хмельницького домініканці були вигнані з обителі, а будова передана «на баланс» Київському братерству. Міщани відкрили там шинок! Якийсь час через нього освятили на честь Св. апостолів Петра і Павла, заснувавши православний монастир. Він проіснував до «указу про секулярізациі» 1787 р.
Петропавловській монастир перейменували в Екатерінінській. 9 червня 1811 р. трапилася пожежа. Вогонь на Подолі бушував три дні. Згоріли практично всі дерев’яні споруди, постраждали кам’яні будови, загинули тисячі людей. Густий дим і кіптява досягли Ніжина.
Екатерінінській грецький монастир уцілів лише тому, що не відкрив дверей погорільцям, що бігли з пожитками. Уціліла після пожежі північна частина Подолу, ближче до Оболоні. Після трагедії монастир зайняв своє нинішнє місце на Контрактовій площі.
В 1915 році були споруджені нові дзвіниця в стилі класицизму (за проектом архітектора Л. Ейснера) і корпусу (архітектор Ф. І. Лідваль). Частина споруд до наших днів не збереглася.
Стихія пощадила синайськіх ченців. «Пожежа» 1917-го поволі, але вірно стирав з лиця міста прекрасні будови. Практично всі споруди Екатерінінського монастиря були знищені. Церкву Петра і Павла, закриту в 20-х рр. ХХ в., хотіли пристосувати під сховище Центрального архіву України, проте в 1935 р. розібрали.